膜聯(lián)蛋白V可以與包括PE的熒光染料結(jié)合。該染料保留了其對磷脂酰絲氨酸（PS）的高親和力，因此可用作流式細胞術分析正在經(jīng)歷細胞凋亡的細胞的敏感探針。由于PS的外化發(fā)生在細胞凋亡的早期階段，PE膜聯(lián)蛋白V染色可以比基于核變化（例如DNA片段化）的測定更早地鑒定細胞凋亡。 PE膜聯(lián)蛋白V染色先于膜完整性的喪失，膜完整性伴隨由凋亡或壞死過程導致的最新細胞死亡階段。因此，用PE膜聯(lián)蛋白V染色通常與碘化丙啶（PI）或7-氨基 - 放線菌素（7-AAD）等活體染料結(jié)合使用，使研究者能夠鑒別早期凋亡細胞（7-AAD陰性，PE膜聯(lián)蛋白V陽性）。具有完整膜的存活細胞排除7-AAD，而死亡和受損細胞的膜可透過7-AAD。例如，被認為存活的細胞既是PE膜聯(lián)蛋白V也是7-AAD陰性的，而處于早期凋亡的細胞是PE膜聯(lián)蛋白V陽性和7-AAD陰性，而處于晚期凋亡或已經(jīng)死亡的細胞都是PE膜聯(lián)蛋白V和7-AAD陽性。該測定法不區(qū)分經(jīng)歷凋亡性死亡的細胞與因壞死性通路而死亡的細胞，因為在任一情況下，死亡細胞都將用PE膜聯(lián)蛋白V和7-AAD染色。然而，當隨著時間測量細胞凋亡時，可以經(jīng)常從PE膜聯(lián)蛋白V和7-AAD陰性（可行的，或不可測量的細胞凋亡）追蹤細胞至PE膜聯(lián)蛋白V陽性和7-AAD陰性（早期凋亡，膜完整性存在），最后是PE膜聯(lián)蛋白V和7-AAD陽性（末期凋亡和死亡）。細胞通過這三個階段的運動表明細胞凋亡。